Seit 1974 ist Wolfgang Aigner bereits beim Bayrischen Rundfunk tätig.
So war er u.a. Reporter in der Bayernabteilung des BR, sowie
Redakteur bei Bayern 3 und beim BR-Zeitfunk.
Nach einem Jahr als Hörfunkkorrespondent in den USA war er von 1988 - 1990 Leiter des B3 Morgentelegramms.

Von 1991 bis 2004 war er Redaktionsleiter von B5 aktuell. Heute ist er Leiter der Hauptabteilung Familie und Gesellschaft beim BR und Programmbereichsleiter von Bayern2Radio - Kultur und Gesellschaft.